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有明一代，除了“二祖”，也就是太祖朱元璋和成祖朱棣以外，所有皇帝都是“守成之君”，极少主动对外用兵。除了庸庸碌碌之辈以及玩物丧志之徒外，仅有的几个勉强称得上“明君”的，也把精力侧重在“文治”上，军事方面则完全没有自己的见解，顶多是“择其善者而从之”，也就是从阁臣的若干建议中选一个。但阁臣都是科举出身，知兵善战者微乎其微，他们拍脑袋做出的军事部署，其结果也就可想而知了。
朱由检深知其中弊端，此时让群臣商议，也不过是做个样子。听他们说的都是些头痛医头、脚痛医脚的法子，朱由检心中冷笑，终于乾纲独断，做出一系列谋划已久的军事部署：
一，驻守山海关的边军暂时按兵不动，既不要救援蓟州和京师，更不要想着什么敌后空虚，分兵去攻宁远。
二，东江镇总兵黄龙立即率部渡海，对辽东半岛展开骚扰性攻击。但万勿与敌硬拼，如有大股敌军迎击，立即退回皮岛。
三，蓟镇边军死守天津卫，一定要保证京师至大沽官道的畅通，至少也要坚持七天。
四，京师立即戒严，三大营中的五军营和神机营移师城中驻防，三千营则把驻地更向西移，藏进京师西侧的群山之中，只留三千精骑随时听候调遣。
五，京师以南二百里内，所有府县同时戒严。百姓能往山区和南方疏散的尽可能疏散，地处平原、无处可逃的，只好避入县城之中。只有通州例外，通州城要放弃，趁着后金军还没打过来，要把所有百姓和物资尽快转移到京师。
六，大同边军移防宣府，与山海关一样，宣、大边军要暂时在宣府按兵不动。
七，山西、北直隶南部、河南北部、山东各地卫所，立即选派官军勤王，但那些老弱病残就不要来了，一定要选拔精锐士卒，宁缺毋滥。而且也不要来京师，到保定、河间二府集结就行了。其余各地官军暂时不动，尤其是陕西、河南南部、湖广北部官军，更要严守驻地，不可轻举妄动。
八，李定国、李来亨二将，要率部克服一切困难，尽快回师勤王。
这八条军事部署一经做出，立即又引发了朝臣的激烈反对。很多人认为养兵千日用兵一时，如今鞑子大举入寇，正该调集所有官军拱卫京师；而按朱由检的部署，京师就只有三大营、五城兵马司和皇城警卫团这三支军队了。
五城兵马司只有一万人，皇城警卫团只有几千人，而且都是步军；三大营虽有十几万人，但经过前段时间的整编，只有五万多能战之兵，李定国和李来亨平定西南又带走一万，只剩四万多人。明军对后金以众击寡尚不能胜，以寡敌众还能有好果子吃？
而且若是辽东的城池受到威胁，这些大臣也不着急。但现在是蓟镇失陷，直接威胁京师！他们自己和家人、财产都在京师，别说鞑子攻破京师，就是在京师附近的村庄抢掠，他们也受不了，因为那些田产大多属于这些达官贵人。所以他们坚决主张与后金在蓟镇决战，实在不行，牢牢守住京师也行，反正不能让关宁铁骑、宣大边军这些吃皇粮的军队闲着。
但皇帝不为所动，阁臣之中的孙承宗、王在晋、袁可立、徐光启、周延儒与温体仁也都支持朱由检。这其中周延儒与温体仁并不知兵，但他们一贯是朱由检的应声虫；而其他几位老臣，则深知皇帝虽然年轻，但谋略、用兵远在诸臣之上。