朱由检借着抚恤将士，又提出兴办军事院校这一大题目来，众臣不禁瞠目结舌，感觉实在有点跟不上皇帝的思路。在这个“万般皆下品，唯有读书高”的时代，所谓的“学”就只有一种，那就是学习儒家典籍，余者皆是微不足道的末技，根本用不着学习，父子相传就可以了，军人同样如此。
说起来明代还算是重视选拔军事人才，科举考试中也包括武举。但武举与文举显然不可同日而语，不但时举时废，没有形成定例，而且仅作为军户制和武官承袭制度的补充，起到的作用可以说是杯水车薪。
所以当朱由检提出要兴办可与国子监相提并论的军事院校，群臣的第一反应就是此举离经叛道，马上有人以不合祖制为由反对。
不过在朱由检潜移默化的努力下，内阁现在已经明显分裂，已经难以形成强大的力量对抗皇权。这不，刚才是温体仁抢了彩头，现在周延儒也不甘示弱，立即驳斥反对者道：“世异则事异，事异则备变。陛下非守成之君，实乃中兴之圣主，自然高瞻远瞩，因势而行。若一味因循守旧，墨守成规，则国事何时能有起色？况且军学的选才皆是从阵亡将士子孙中选，未出军户，只相当于提前襙演，何来不合祖制之说？”
朱由检也赶紧解释，说自己并非要改变大明“以文制武”的国策，新设立的军事院校也不可能与国子监地位相同，只不过是抚恤阵亡将士子弟的另一种形式罢了。这回鞑虏铩羽而归，来年必来报复，召集这些年轻子弟，也算是为即将到来的战争做准备。
另外四位阁臣孙承宗、王在晋、袁可立和徐光启也都赞同朱由检的主张，本来阁臣有十五人，现在礼部尚书空缺，十四人里已经有六人附议，黄宗羲、王夫之等中书舍人也都坚决支持，东林系大臣要是再硬顶着不同意，可就太被动了。因此群臣只得勉强同意，然后就兴办军事院校的细节事宜展开激烈的争吵。
最后在朱由检的妥协下，内阁终于商定了方案。这座新设立的军事院校命名为“武备学堂”，紧邻国子监，但占地要小得多，仅能容纳二百人住宿。负责人由兵部武选司郎中兼任，称“军师祭酒”，与“国子监祭酒”相对应。但国子监祭酒是从四品，兵部郎中是正五品，级别上国子监压着武备学堂一头。而且兵部郎中是文官，还是确保了“以文制武”的原则。
后面还有好多条条框框，朱由检一概诏准。他想得很明白，现在最重要的是先把军事院校办起来，其他一切好说。等学堂开始运转以后，教什么、怎么教，那可就不是这帮不懂军事的老家伙们说了算的了。本来他还打算像在秦王庄一样，让令妃戚美凤负总责，现在也只好暂时隐忍。
定下这件大事，朱由检心情畅快了很多。这时礼部关于参加潭柘寺无遮大会的各项事宜也已安排妥当，文震孟还兴冲冲地向朱由检禀报，说潭柘寺的住持梦宜师太听说朝廷重恤死难百姓，皇帝还拿出内帑银，深受感动，决定在无遮大会期间加开超度法会，而且无遮大会所得香火钱，拿出一半来捐给朝廷，用于抚恤孤寡。朱由检听了更加高兴，心想这位师太不但是得道高僧，还是爱国僧人，实属难得。