虽然因为风暴无法出航，张煌言郑森以及安娜公主号上的全体海军战士可也没闲着。.要做的工作实在太多啦！
首先，是抓紧修复船体，尤其是重新安装后桅。原来那根桅杆已经抛到海里去了，好在太平岛上有高大的椰子树，伐倒以后做桅杆正合适。至于其他部位的小修小补，就更不在话下，而这一切工作都是在风雨中进行的。
第二，是在太平岛上设立工事。因为守岛官兵并不多，不可能全面设防，只能在岛屿最高处设立炮台，然后从礁盘上敲下礁石，打磨成石砖，围着炮台筑起一小圈围墙。围墙外再挖战壕，战壕内插满削尖的木桩。虽然还是略嫌简陋，但这座工事已经具备了防御的基本功能，缺乏火器的普通海盗若想强攻，肯定会付出惨重代价。当然这个工程量是非常大的，所以郑森率领全舰官兵突击赶工完成。等安娜公主号离开以后，守岛官兵慢慢加固工事就可以了。
第三，则是日常训练。虽然此次下南洋没有战斗任务，但郑森谨记朱由检的叮嘱：要时刻绷紧打仗这根弦！因此即使每天的工作已经很累了，郑森还是要抽出一个时辰，在战舰和工事内进行各种演习。新加入的战士过去没有基础，郑森对他们更是严格要求，尤其是在军纪方面，务求尽快去除过去的散漫习气，尽快融入集体，形成战斗力。
第四项工作同样非常重要。每天夜晚收工后，张煌言和郑森还要召集所有来过南海海域的战士，大家凭记忆把南海的岛礁标注在海图上，然后再互相印证，最后得到一张比较可信的地图。
当然，这份地图的底子，也就是东南亚地区图，是张煌言照着朱由检给他的世界地图誊画下来的复制品。那份原图可是最高机密，即使是郑森，没有旨意，张煌言都没敢让他以说除了朱由检之外，这个时空中第二个知道世界到底什么样的人，也就是张煌言了。
经过几夜努力，南海地图终于制作完成了。西沙和南沙群岛所有已知的岛屿沙洲暗礁和暗滩共有几十个之多，除了具体位置以外，这些岛礁的名字也都标注在了地图上。当然，螺岛和太平岛因为实际抵达，安娜公主号上有租船时附送的六分仪，所以可以得出准确的经纬度。至于其他岛屿，尚需实地验证，这将是一个漫长的过程。
除了这些正式工作以外，北海舰队做为朱由检亲自组建的部队，也和秦兵一样，很重视官兵的思想工作。工作的间隙以及夜晚临睡之前，张煌言郑森及各级军官都会和普通战士亲切地拉家常。
其他战士早已习惯了，刚入伍的新战士刚开始时则有些受宠若惊，他们不敢相信官老爷会关心他们这样最底层的人。直到几天以后，他们发现北海舰队内就是这样关系融洽，将关心兵，兵爱戴将，这才敞开了心扉。
他们尤其愿意向张煌言诉苦，说到做蛋民时的艰辛和屈辱，讲述者和倾听者一齐流泪。而张煌言事后就把这些事情一五一十地记下来，准备回京以后面呈皇帝，因为这里面涉及到大量的地方官员贪腐不法行为。