回城之后，张煌言向真腊国王奔哈托正式递交国书。..这封国书一式三份，分别以中文高棉文和通行于东南亚地区的波斯文写就，主题由朱由检亲自撰写，当然也经过了徐光启等人的润色，使之更有文采。
过去大明的国书一般都流于形式，无非是说些“该国国王事明甚恭，朕当厚赏之”之类的套话。这回却不然，国书的篇幅非常长，里面尽是“干货”。其内容主要包括：
一，向真腊示好。朱由检开篇明义，并不像明朝过去的国书那样，先强调对方要如何对自己恭顺，而是指出两国虽然远隔重洋，但关系一向融洽，并特意用“友邦”称呼真腊。虽然是简简单单两个字，意义却非同寻常，因为长久以来，中国一直是真腊的宗主国，而且双方都认可这一点。现在朱由检主动提“友邦”，友就是朋友，朋友之间自然是相互平等的，这就等于是大明主动放弃宗主国的身份，只不过还没有明确说出来而已。
二，请求与真腊加强联系。从官方层面，此次派张煌言出使算是第一步，后面便是邀请真腊遣使回访。过去明朝的藩属国进贡标准是三年一贡，但不是强制要求，几十年不来也无所谓。其实倒不是真腊不愿意来进贡，事实正好相反，所有藩属国都希望多进贡，因为明朝对属国实行怀柔政策，有贡必有赏，而且为了显示“天朝上国”的强大实力，赏赐远远超过进贡，时间长了，便成为财政上的沉重包袱。后来规定三年一贡，美其名曰减少属国的负担，其实是明朝自己负担不起了。
现在朱由检则提出，希望两国每年至少要互访一次，不单是真腊使臣来明朝，明朝使臣也要继续出访真腊。而且视真腊国的意愿，两国还可以互设使馆，互派大使，把官方的交往常态化。另外，朱由检也邀请真腊国王奔哈托在方便的时候访问大明。
而从民间层面，朱由检指出两国地理位置不同，物产各异，通过贸易互通有无，对两国都是有利无害。可是现在两国的民间贸易还是空白，一是隔着大海交通不便，二是语言不通。在语言方面，朱由检希望多派一些学员到真腊学习高棉语，真腊亦可派人来大明学习汉语，费用可以由大明出。至于海运贸易，则着使臣张煌言当面详谈。
第三，朱由检希望和真腊签订友好条约。这又是朱由检对藩贡体系的一大挑战，过去中国不论任何朝代，都极少和外国或是异族签订条约，一般都是以圣旨示恩，对方则上表称臣，虽也落了文字，但性质等同于书信，和真正意义上的条约大有区别。
要说真正的条约，恐怕就得数得上宋辽的“澶渊之盟”了，但那是在辽国的军事压力下被迫签的，明朝开国以来自认为“天朝”，当然不愿意搞这种东西。包括后来的俺答封贡，仍是以圣旨封俺答为顺义王这种形式。
但是在这封出自朱由检圣意并未与阁臣商量的国书里，朱由检明确提出，希望拟定一个双方满意的友好条约，两国同时签署生效。条约的内容主要包括两国互相尊重主权与领土完整，互不侵犯，互不干涉内政，平等互利，和平共处等内容，简而言之，就是朱由检把和平共处五项原则直接给搬了过来。一旦签署了这个条约，原有的藩贡关系即时废止，其意义之重大自然不言而喻。