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“从现在开始，你们就是朝廷的军官了，要更加严格要求自己！”
在把民团升格为秦兵之后，解勇、李定国、李来亨做为这支军队的元老和骨干，理所当然地成为军官。朱由检让他们三人皆任百户，其中解勇和李来亨各领二百人，入驻尚未竣工的泾阳新城；而李定国则独领四百人，仍驻扎在秦王庄。
至于兵种问题，朱由检实行混编，也就是每名将领治下，都有骑兵、步兵、鸟铳兵，将来还要增加炮兵。他并未采取按兵种类型分开治军的做法，因为他深知各兵种协同作战，才能发挥出最大的战斗力。而李定国等人以后皆是独当一面的将领，也有必要锻炼指挥各种兵种的能力。
其实众人也曾提议，如今秦王庄既然规模扩大，又有了城墙，不如改叫“秦王城”。这个名字当然是高端大气上档次，但朱由检秉承“高筑墙、广积粮、缓称王”的思路，并未同意这个提议。
他心想叫什么名字并不重要，关键在于你有多少实力。而自己现在恰恰需要隐藏自己的实力，让魏忠贤放松警惕，所以还是不要太招摇的好。
当然，朱由检作为藩王，并没有授予武将官职的权力。但此时朝廷对地方武装的控制力已经接近为零，只要将队伍拉起来，就可以向朝廷上奏章要官。
朝廷为了让这些武装为自己效力，也只得有求必应，乱授官职。甚至发生过几十人的队伍，人人皆是百户，小头目则是参将的滑稽情况。反正户部也发不出饷银，你爱叫什么叫什么。相比之下，朱由检任命几人为百户，还真的是故意隐瞒实力了。
当然，这三名百户只是具体统兵的将领。秦兵的最高指挥权仍归于朱由检，若有朱由检授权，孙传庭也可代行主帅之责。至于平常没有战事之时，孙传庭只负责秦兵的后勤供应，作战及训练则是由戚美凤负责。
戚美凤已经辞官，要是再出仕担任军职，既不合适，又容易引人注目。但她深得戚家军兵法精要，又曾在与蒙古人、女真人的作战中战绩辉煌，朱由检当然不会浪费她的才能。
经过朱由检的精心安排，秦兵的组织架构就变成了这样：实际统帅，朱由检；名义统帅与后勤保障，孙传庭；主将，戚美凤；统兵将领，解勇、李定国、李来亨。
如此一来，众人各司其职，并且相互制约，关键事权则决于朱由检一人。既充分发挥了各人的才能，又不致出现分裂军权的情况。
而戚美凤带来的五十名戚家军，则是一分为二。其中三十名划入秦兵中，担任低级军官。朱由检打算让他们以老带新，尽快把戚家军独步天下的鸳鸯阵传授给秦兵。这样一来，秦兵的战斗力就能上一个大台阶，不光能打土匪，还可以打一些更棘手的硬仗了。
而剩下的二十名精干士卒，则出任朱由检的亲卫，石彪担任亲卫长。自从在大慈恩寺遇袭，朱由检觉得自己的安全问题必须要高度重视了。有了这些身经百战的亲卫保护，一般的刺客再想偷袭自己，恐怕就没那么容易了。
安排完军政，就该议财政了。朱由检又转而对李贞妍拱手笑道：“秦兵虽在名义上归了朝廷，但朝廷财政捉襟见肘，恐怕不会提供军饷，所以我们还是要自己动手，丰衣足食，自筹军饷，这个任务就着落在黄海商帮身上。本王身份特殊，行事多有不便，所以这帮主之位，还要烦劳翁主接任了。”