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有了第一团成功改编的经验，李定国部的改编就更加容易了。
在朱由检的设想中，秦兵应该在短期内扩充到三万人左右的规模，解胜、解勇、李定国、郝永忠、李来亨，这五员虎将各统兵六千。有了这三万精兵，朱由检就有了最大的本钱，在必要的时候完全可以和魏忠贤翻脸摊牌。
按理说六千人已经接近前世一个师的兵力，最起码和一个独立旅相当。但在这个时代，“师”这个字眼比较大，几乎等同于全国规模的兵力。为了隐瞒秦兵的真正实力，朱由检还是沿用解胜部的建制规则，把李定国部改编为秦兵第二团，团长自然是李定国。
第二团与第一团一样，同样下辖八个营，步兵营、骑兵营、炮兵营、车兵营、工兵营、侦察营一应俱全。所不同的是，因为李定国部有丰富的作战经验，兵力也较解胜的第一团更多，所以步兵一、二营和骑兵三、四营，都是加强营的编制。
步兵营每个营下辖六个连，再加上通讯排、警卫排、炮兵排、炊事排、狙击班，标准建制接近千人。骑兵营每个营下辖五个连，约有六百人。这四个主战营加起来，就是三千多人，几乎占了李定国部现有兵力的绝大部分。至于其他营，兵力与第一团相仿，由于装备还在完善中，尤其是炮兵还不成型，因此只能暂时起到辅助的作用。
至于颇为重要的各营营长职务，也不劳朱由检费心。因为李定国部和解胜部不同，这一年来与流贼战斗不断。战场虽然残酷，但也是最能锻炼人的地方。秦兵本来也不过是农户出身，但这一年来，李定国手下已经涌现出不少优秀将领。李定国本人又是智勇双全，在他的熏陶下，他手下的各位将领也都能独挡一面。
在这其中，较为突出的有四个，分别是窦名望、靳统武、高文贵和王国玺。这四个小伙子与李定国年纪相仿，却同样立下赫赫战功，在军中很有名气。于是朱由检任命他们分别担任一至四营的营长。至于其他长官，也由李定国提名、众将官公议，很快选了出来，在此不消详述。
在接下来的授衔仪式上，因为李定国战功卓著，被朱由检授予上校军衔。同为团长，解胜只是少校军衔，这就看出区别来了。军人最重荣誉，为了不被李定国落下，解胜等将领也必然渴望上阵杀敌立功，军衔的激励作用就体现出来了。
其他将领也获得少校至尉官不等的军衔。全部授衔完毕后，朱由检对他们发表了简短的讲话道：“诸位，我们秦兵是自行组建的，朝廷到现在也不给我们粮饷，你们的团长李定国立下了擒获高迎祥的大功，可到现在还只是个六品千户，你们就更别提了。是不是觉得很不公平？”
“没错！”诸将皆忿忿不平地道，“朝廷瞧不起我们秦兵，其他官军也瞧不起我们，别看他们到了战场上个个是草包，可碰到我们还要耍威风！”