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两国由政治谈到贸易，这里面又分为两大类：政府间贸易和民间贸易。民间贸易方面，因为全面放开的条件还不成熟，朱由检提出，大明需要指定几个港口，葡萄牙商船只能在这几个港口与中国商人做生意，否则视为走私。当然为了让葡萄牙人得到实惠，遵照两人之前的约定，十年之内，无论是出口还是进口，对葡萄牙人完全免税，这样也就没有走私的必要了。
按理说，这个条件已经够优厚的了，但是若昂仍不满足。对于葡萄牙人来说，他们就是以远洋贸易起家的，殖民地遍布亚洲、非洲和南美，当然掌握着不少值得推销的商品。比如产自葡萄牙本土的橄榄油、葡萄酒、工艺品，印度的地毯、挂毯、彩绘花瓶，香料群岛的胡椒、肉豆蔻、桂皮，莫桑比克的腰果仁，安哥拉的紫檀木，佛得角的龙虾，以及新大陆的各种作物。
但是在与中国人做贸易的过程中，葡萄牙人痛苦地发现，中国地大物博，几乎各种商品都不缺乏，实在没有的东西也不稀罕，葡萄牙人的货物在中国销路很差，有时甚至根本卖不出去。而中国出产的瓷器、茶叶、生丝等商品，欧洲需求极大，却是只此一家别无分号，价格也很昂贵，因而葡萄牙在对中国的贸易中连年保持巨额逆差。
所以若昂要求，民间贸易造成的逆差，必须从政府间贸易中得到补偿。
朱由检对其他商品都不太感兴趣，惟独对玉米、马铃薯、红薯等高产作物情有独钟。虽然他已经在泾阳小范围地试种了一部分，但数量太少，而且种子都是从台湾带过去的。台湾是热带地区，而这些作物都适合在温带生长，因此品种不佳，收成一般。如果能直接从新大陆进口原种，朱由检当然求之不得。因此对若昂的请求，他也没太多想便一口答应，表示可以由官府出面大量引进这些作物。
但若昂不愧是个谈判高手，看出朱由检的意图后，马上狡猾地提出：葡萄牙需要所有商品都在中国打开市场，而不是其中的一两种。而且出于运输和成本等方面的考虑，抵达中国的商船也不可能只携带新大陆的货物，大明要买就得把整船的货物全买下来，并且价格没有商量的余地，葡萄牙人要多少钱就是多少钱。换句话说，他对老百姓卖不出去的货，朱由检全得兜着。
朱由检一听差点没把鼻子气歪了，心想这不就是搭配销售么？除了粮食作物之外，其他商品基本上都是奢侈品，价格不菲不说，用处也不是很大，等于白花不少冤枉钱。有心拒绝，但若昂的态度却十分强硬，一步也不肯退让。
朱由检不禁有些埋怨自己谈判经验不足，让葡萄牙人摸清了自己的底牌。好在朱存棋机敏地插言道：“这一点我们可以同意，甚至也可以不讨价还价。但是贵国提供的商品必须是质量优良的，要接受我们的检验，然后才能下船。”
若昂对本国的商品质量还是蛮有信心的，当即满口答应。朱由检心里还在想，这些东西质量再好，用不着也白搭呀。正在犹豫之际，却见朱存棋对自己使了个眼色。朱由检当即明白，她肯定伏有不吃亏的妙计，只是现在还不能说。再一想和两国合作的大局比起来，就算在贸易上真吃了亏也值得，便点头答应了这一条。