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无论是什么改革，从根本上说都是调整旧有的责权、利益划分，而这就涉及到具体的人，所以改革首先就是“改人”。对朱由检来说，现在面临的就是这个问题：他需要马上任命新的河南省和开封府地方官员。
登基以后，朱由检曾经在“日讲”中向那些学识渊博的大臣非常详细地了解过本朝地方行政制度。明代的地方行政区划分为三级，分别是省、府（州）、县。其中“省”是沿袭元代的“行省”制度而来，正式的名字是“承宣布政使司”，但习惯上还是称为“省”。全国包括二京十三使司，河南便是其中的一省。
按照洪武年间定下的“祖制”，省一级的最高行政长官叫“布政使”，俗称“藩台”，拥有承宣政令、管理属官、掌控财赋的权力，原来是正二品大员。与之并列的还有掌管一省刑讼的最高长官“按察使”，俗称“臬台”，也曾是正二品文官。再加上省级卫所机构“都司”的最高军事长官“都指挥使”，合称“三司”，分掌一省的行政、司法、军事大权，避免了权力过分集中，最起码在创立制度之时，起到过积极作用。
可是当承平日久，地方政府机构难免滋生腐败，效率低下，人浮于事，甚至发生动荡，影响整个帝国的安全。在此种情况下，朝廷不得不从中央派一名官员过去，处理一些“三司”互相扯皮久拖不决，或是以他们的能力根本解决不了的事，这个官员的官职就叫“巡抚”。
初时巡抚只是临时派遣，问题解决以后仍回朝廷，官品也不一定比布政使、按察使。后来地方问题越来越多，尤其是军事、防务上越来越吃紧，巡抚就逐渐从临时变成定例，最终成为一省的军政司法最高长官。相应地，巡抚的官品一般为正二品，而布政使和按察使的官品下调为正三品，成为巡抚的属官。
按照朱由检的理解，如果拿前世的官员名目往这里套的话，巡抚就大致相当于省委书记，布政使相当于省长，按察使相当于省法院院长、检察院检察长，都指挥使相当于军分区司令。一个巡抚管着这么多部门，权力是相当大了。而实际还不至于此，就拿河南巡抚来说，官职的全称是“巡抚河南等处地方提督军务粮饷兼理河道屯田兼兵部右侍郎兼都察院右副都御史”，光是念出来已经很吓人了。
然而不管是巡抚、布政使、按察使还是都指挥使，都是高高在上的官老爷。真正与普通老百姓打交道的，还是府县官员，尤其是县官。这一点朱由检在泾阳县就知道了，明代县级官府的特点是有官有吏，官少吏多；名义上官大于吏，实际上吏“绑架”官。
具体地说，一个县的“朝廷命官”只有五位：知县，正七品；县丞，正八品；主簿，正九品；典史，未如流；教谕，未如流。
但是很显然一个县只靠五个人治理是根本不可能的，所以官下面还有吏，也就是衙门里的其他人员。按照设计这个制度时最初的构想，吏也属于民，不在朝廷的官员编制之中，不发薪水，给衙门干活就相当于是服徭役了。