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既然成立了皮岛商行，朱由检就打算如毛文龙时期一样，继续保持皮岛“自由港”的地位。除了商行的船只可以去海外贸易以外，当然也得允许海外的商船来皮岛交易。这就又涉及到两大问题：安全和监管。
所谓安全，自然是指皮岛的防务。东江镇现在只剩下皮岛及附近的若干小岛，虽然是弹丸之地，兵力也不很多，但处于朝鲜和后金之间，进可攻退可守，战略地位十分重要。如果山海关乃至京师是未来的前线主战场，那么皮岛就是敌后第二战场，可以骚扰后金的后方，牵扯其兵力，使鞑子不敢全力进攻主战场。
所以皮岛绝对不容有失。由于是海岛，所以只要防住来登陆的舰队，女真人就只能望洋兴叹。而狡猾的女真人会不会打着贸易的幌子，偷偷派人上岛搞破坏，甚至直接攻岛？朱由检必须考虑到这种可能性。
所以朱由检要黄龙做的第一件事，就是整编皮岛水师。本来皮岛共有战舰十七艘，其中毛文龙的旗舰最大，是八百料的福船，不过换算成排水量，大概也就是四五百吨。剩下的三艘六百料战舰，分别为孔有德、尚可喜、耿仲明所有，现在也被三人带跑了。余下多为四百料船，甚至还有一百料的小船，比渔船也大不了多少。
朱由检命令黄龙坐镇于旗舰之上，非特殊情况不得下船。而毛承禄则驻于皮岛之上，负责日常管理。说到底，朱由检还是对毛承禄不大放心。如果毛文龙已经被杀，他是绝不会留毛承禄在岛上的。现在毛文龙要被押往京师，毛承禄应该还不敢怎么样，而皮岛又人才奇缺，权宜之下，朱由检也只得让他留任。以后只要有合适人选，朱由检肯定要把毛承禄调走。现在让黄龙直接掌管舰队，毛承禄就算有异心，没船照样什么也做不成。
朱由检给黄龙下达的近期任务是：暂时不必急于袭击后金，先把皮岛海防巩固了再说。每日舰队要在附近海域巡航，凡有至皮岛贸易的海船，必须先在外海停船受检，没有问题之后才放行停靠，这样就基本杜绝了女真人偷袭的可能性。
至于对外来海船的税收，毛文龙时期是按船收税，一艘船收个几十两白银。相对于一次动辄成千上万两的交易量来说，这点银子实在微不足道，所以才能吸引大量的走私船前来。
朱由检却改变了这个规矩，改为按货值收税。这在前世本是常识，因为货物种类千差万别，货值也相差悬殊，按船收税虽然简单，但却很不公平。
改为按货值收税后，虽然监管的工作繁琐了许多，比如船主要申报、守军要核点，而且为了继续吸引商船前来，朱由检也把税率定得很低，算下来与以前也差不了多少；但朱由检的目的是让贸易方养成照章纳税的习惯，而且海关收税也是一个主权国家的当然权力，对外贸易总量变大以后，税收收入也会是财政收入的一个重要来源，对现在的皮岛而言尤其如此。靠着自收自支，皮岛就可以解决一部分军饷了。